Kota fiksi Jepang bernama Kota Sugomori dibangun di atas tanah reklamasi. Namun seiring berjalannya waktu, populasi kota ini semakin berkurang. Suatu hari, Sonosaki memberitahu teman sekelasnya Katsuhira: "Kamu telah terpilih menjadi Kiznaiver." Sistem Kizuna, yang memungkinkan Katsuhira berbagi luk