Setelah pembunuhan ayahnya, Ryuuko Matoi mengembara untuk mencari pembunuhnya. Mengikuti satu-satunya petunjuknya—separuh dari penemuannya yang hilang, Pisau Gunting—dia tiba di Akademi Honnouji yang bergengsi, sebuah sekolah menengah yang berbeda dari yang lain. Akademi ini diperintah oleh ketua OS